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要将小米手机的短信全部标记为已读，可以按照以下步骤操作。
1、打开短信应用。
2、进入短信应用后，长按任意一个短信会话。
3、在弹出的菜单中，找到并点击“标记全部为已读”的选项。
4、所有的短信会话都会被标记为已读，且短信通知栏中的所有通知也会消失。
也可以借助第三方应用来批量管理短信，例如通过MIUI短信批量操作来实现，具体操作步骤如下：
1、在小米应用商店中搜索并下载MIUI短信批量操作的应用。
2、安装并打开应用，选择想要标记为已读的短信。
3、点击批量操作按钮，选择“标记为已读”。
不同版本的小米系统和短信应用可能存在操作差异，请根据具体情况调整操作步骤，如果以上方法无法适用，建议查看小米官方论坛或咨询小米客服获取更多帮助。